分子相似性搜索
本教程演示如何使用开源向量数据库Milvus构建分子相似性搜索系统。
使用的第三方软件包括：
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RDKit
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MySQL
药物开发是新药研发的重要组成部分。药物开发过程包括靶点选择和确认。当发现片段或引导化合物时，研究人员通常会在内部或商业化合物库中搜索类似化合物，以发现结构活性关系（SAR）、化合物可用性。最终，他们将评估引导化合物的潜力，以优化为候选化合物。为了从数十亿规模的化合物库中发现可用的化合物，通常检索化学指纹以进行亚结构搜索和分子相似性搜索。
在本教程中，您将学习如何构建一种分子相似性搜索系统，该系统可以检索特定分子的亚结构、超结构和类似结构。RDKit是一款开源的化学信息学软件，可以将分子结构转换为向量。然后，这些向量存储在Milvus中，Milvus可以对向量进行相似性搜索。Milvus还会自动为每个向量生成唯一的ID。向量ID和分子结构的映射存储在MySQL中。
Workflow of a molecular similarity search system.
Demo of a molded similarity search system.